Mit über 40‘000 - teilweise - inventarisierten Objekten ist die Sammlung der FPJ heute eine der eindrücklichsten und interessantesten Fossilienprivatsammlungen in der Schweiz. Diese ist zur Zeit nicht zentral aufbewahrt, sondern befindet sich zerstreut bei verschiedenen Mitgliedern der Stiftung oder in Museen, wie dem Naturhistorischen Museum der Burgergemeinde Bern oder dem Musée jurassien des sciences naturelles in Pruntrut. Im 200jährigen Bauernhaus von Regina und Bernhard Hostettler in Glovelier allein sind über 2‘000 Exponate ausgestellt, die den Vertretern der Wissenschaft, den Hobbypaläontologen und der Neugier der Besucher zugänglich sind.
Ziel der FPJ - wie auch schon des Vorgängervereins „Pro musée paléontologique - ist es, eine möglichst umfassende Sammlung zusammenzutragen und diese der Öffentlichkeit zugänglich zu machen. Letzteres bedeutet nichts anderes, als die Sammlung möglichst umfassend in einem Museum lagern und/oder – idealerweise dauerhaft - präsentieren zu können.
Die Sammlung bietet eine vollständige Übersicht über den paläontologischen Reichtum des Juras. Diese ermöglicht es, einen kompletten paläookologischen Überblick über die verschiedenen Lebensräume der verschiedenen Schichten des Jura zu geben.